青染料是在两个氮原子之间含有聚次甲基桥的分子，带有离域电荷，多年来一直用作生命科学中的染料。自从 Cy3、Cy5 和 Cy7 在 1990 年代初作为琥珀酰亚胺酯上市销售以来，花青染料开始广泛用作核酸标记。
FITC是一种黄色粉末状的荧光染料，激发波长为494 nm左右，具有高吸收率、优良的荧光量子产率和良好的水溶性等特点，是生物学中应用最为广泛的一种绿色荧光素衍生物
该类荧光染料具有高的摩尔消光系数、良好的溶解性和光稳定性等优异的光物理性能，其Max电子吸收光谱红移至650nm以上，荧光发射波长达到680nm，是有良好应用前景的有机荧光染料。
荧光化学传感器因具有较高的选择性、灵敏度、较低的成本和较为便捷等优点，已被广泛用于生物小分子、阳离子、阴离子以及pH等方面的检测。
2,6-二碘-四甲基BODIPY，由于重原子效应，其荧光被猝灭，但是其光稳定性远远高于罗丹明B,是一种有效的光敏剂。
荧光多肽的应用范围从多肽到蛋白质相互作用的研究，酶活性测定，或开发新的疾病模型。荧光团可以共价连接到N端或c端，但建议结合到N端。
蛋白荧光标记技术是目前常见的蛋白体外标记技术，利用级联放大反应原理，将极度敏感性且易于检测的荧光素通过某个基团吸附或共价结合后，标记到特异性抗原或抗体分子上，应用荧光显微镜观察荧光标记物因增强放大效应而产生颜色、光谱等变化，以分析示踪相应抗体或抗原性质与含量的方法。
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