在细胞标记实验中，选择CY2、CY3、CY5、CY5.5和FITC这些荧光染料，本质上是一个光谱拼图游戏，核心目标是让每个染料的信号能够被仪器清晰区分，且亮度与目标分子匹配。
以下是帮助您系统化选择的指南（仅参考）。
核心选择原则
1. 仪器先行：您的流式细胞仪或显微镜的激光器和滤光片配置是首要决定因素。没有对应的激光，染料就无法被激发。
2. 避免串色：选择发射光谱重叠最小的染料组合，以减少补偿校正的难度和误差。这对于多色实验至关重要。
3. 亮度匹配：将最亮的染料（如CY3）用于表达最弱的目标蛋白，将较暗的染料（如CY5.5）用于表达最强的蛋白，以确保所有信号都能被清晰检测。
4. 应用场景：考虑是否需要活体成像、是否需要良好的光稳定性等进行长时间观测。
各染料特性深度解析
选择策略与实战应用
1. 根据激光器配置选择
488nm 激光器：可以激发 FITC 和 CY2。它们是标准的“绿色通道”染料。
561nm 激光器：可以最佳地激发 CY3，获得明亮的橙黄色信号。
633nm 或 640nm 激光器：这是激发 CY5 和 CY5.5 所必需的。没有此激光器，无法使用这两种染料。
2. 多色实验中的搭配策略（例如流式细胞术）
设计多色panel时，应优先选择发射光谱间距大的染料。
常见三色方案：
FITC/CY2 (绿) + CY3 (橙红) + CY5 (远红)
这个组合光谱分离得很好，补偿容易，是相对稳健的方案。
四色或更多颜色方案：
在以上三色基础上加入 CY5.5 (近红外)。
CY5.5的发射波长与CY5和CY7染料分得较开，非常适合在超高参数流式中增加一个检测通道。
注意：CY3的光谱与PE非常接近，在设计panel时要小心评估PE和CY3之间是否需要大量补偿。
3. 根据应用场景选择
常规流式细胞术 / 免疫荧光：
CY5是远红色通道的主力。
CY3 因其超高亮度，是检测弱势群体的选择。
FITC 和 CY2可根据价格和抗体availability选择，CY2性能相对更优。
CY5.5在此场景非必需。
活体成像 (In Vivo Imaging)：
优先选CY5.5。近红外光在生物组织内吸收和散射最少，穿透深度最大，背景荧光最低，是活体成像的常规标准。
CY5也可用，但效果不如CY5.5。
厚组织/3D样本成像：
优先选CY5.5，其次 CY5。远红/近红外光比短波长的光穿透性更好，能获得更清晰的深层图像。
需要长时间照射的实验（如FRAP、时间序列成像）：
避免使用 FITC（易淬灭）。
选择光稳定性好的 CY3, CY5, CY5.5。
总结与快速指南
1.你的仪器有什么激光器？
只有488nm：你只能选择 FITC 或 CY2（绿色）。
有488nm和561nm：可以选择 FITC/CY2 (绿) + CY3 (橙红)。
有488nm, 561nm, 633nm：恭喜你，可以开启完整的多色实验：FITC/CY2 (绿) + CY3 (橙红) + CY5 (远红)。
有633nm且检测器支持近红外：可以加入 CY5.5 (近红外)。
2. 你的主要实验目的是什么？
常规多色流式：CY3 (低丰度) / FITC或CY2 (中高丰度) / CY5 (高丰度)
活体成像/深组织成像：CY5.5
检测表达非常弱的蛋白：CY3 (因为它最亮)
预算有限：FITC (但性能是妥协)
以上数据均来自文献/科研资料,星戈瑞暂未进行独立验证, 仅供参考！(以上文中所述仅限于科研实验及实验室环境)
