荧光多肽的应用范围从多肽到蛋白质相互作用的研究，酶活性测定，或开发新的疾病模型。荧光团可以共价连接到N端或c端，但建议结合到N端。
花菁染料，也叫CY（Cyanine）染料是一种常见的荧光化合物，也是一种多甲川染料的衍生物。
水溶性花菁染料CY5标记马来酰亚胺是具有亲水性的，用于蛋白质标记和抗体标记。
七甲川花菁染料标记马来酰亚胺可将近红外花菁7染料附着到具有游离巯基的蛋白质上。
氰基5马来酰亚胺是一种单活性染料，其选择性地与硫醇基团（例如，与肽和蛋白质中的半胱氨酸）偶联，以产生标记的偶联物。
Sulfo-Cyanine3 maleimide水溶性硫醇反应性黄色发光染料。
Cy3 (Cyanine3) 是一个传统的蛋白质和核酸的橙红色荧光标记物。Cy3一般偏脂溶性，水溶性较低，在水相标记反应时常常需要使用有机共溶剂，常用有机溶剂包括DMF，DMSO和乙腈等。
免疫荧光细胞化学技术是采用荧光素标记的已知抗体（或抗原）作为探针，检测待测组织、细胞标本中的靶抗原（或抗体）
免疫荧光标记技术（immunofluorescence technique）是将已知的抗体或抗原分子标记上荧光素，当与其相对应的抗原或抗体起反应时，在形成的复合物上就带有一定量的荧光素
