氟硼二吡咯(BODIPY)类荧光染料具有良好的光化学物理性能
聚乙二醇（PEG）是一种高分子聚合物，具有良好的水溶性，并与许多有机物组分有良好的相溶性。荧光聚乙二醇可标记多种活性基团，如：氨基、羧基、巯基、叠氮等。
菁染料(Cy)是近红外荧光染料中最常用的一类荧光染料，细胞和组织的自发荧光在近红外波段小，能提供更高的特异性和灵敏度。
一种具有马来酰亚胺基团的活性染料，用于标记蛋白质和其他生物分子的硫醇基团，是Cy7®马来酰亚胺的类似物。
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氮杂BODIPY染料作为一类特殊的BODIPY染料，发射波长一般都大于650 nm，且具有荧光寿命长、荧光光谱半峰宽较窄等优势，非常适合作为近红外荧光探针材料。
荧光化学传感器因具有较高的选择性、灵敏度、较低的成本和较为便捷等优点，已被广泛用于生物小分子、阳离子、阴离子以及pH等方面的检测。
2,6-二碘-四甲基BODIPY，由于重原子效应，其荧光被猝灭，但是其光稳定性远远高于罗丹明B,是一种有效的光敏剂。
Cy3 (Cyanine3) 是一种花菁染料，也是一个发橙红色荧光的标记物。脂溶CY3水溶性较低，在水相标记反应时常常需要使用有机共溶剂，常用有机溶剂包括DMF，DMSO和乙腈等。
磺基-花青7是一种近红外荧光团，具有亲水性，在其七甲醛链中含有一个刚性环，可改善其光物理性能。
