中文名称：Cy3.5标记胞嘧啶
英文名称：Cy3.5-labeled Cytosine
别称：Cy3.5-Cytosine
材料类别：荧光标记核碱基衍生物
温馨提示：仅供科研，不能用于人体实验。
Cy3.5-Cytosine通过在胞嘧啶相关结构上引入Cy3.5荧光团实现可视化追踪。其优势在于为小分子或核碱基相关研究提供直接荧光信号，能够与成像、分离检测或载体研究结合；局限则来自标记基团尺寸远大于胞嘧啶本身，可能改变分子的空间、电荷和亲疏水性质。此外，荧光染料存在光漂白、环境敏感和非特异吸附等问题。因而该材料更适合作为研究工具，而不是未经验证地替代天然胞嘧啶。
1. 光谱窗口理想，背景干扰小
相比 FITC（绿光）或 Cy5（红光），Cy3.5 的橙红光发射在多数生物样本中自发荧光较低，特别是在：
固定组织切片
植物材料
富含酚类的样本
中，信背比明显优于短波长染料。
2. 仪器兼容性强
Cy3.5 的激发/发射与常见的 561 nm 或 594 nm 激光线完美匹配，适用于：
共聚焦显微镜
流式细胞仪
荧光显微镜
多孔板读数仪
几乎不需要特殊滤光片，常规平台即可开展实验。
3. 结构改造空间大
胞嘧啶分子含有多个可修饰位点（如 N4-氨基、C5 位、C6 位），化学家可以通过不同的连接臂（linker）将 Cy3.5 挂在合适位置，从而：
保留部分氢键能力
减少对 Watson-Crick 碱基配对的影响
调节探针的膜通透性和胞内稳定性
4. 多色标记友好
Cy3.5 与 FITC（绿）、Cy5（红）、DAPI（蓝）等通道区分度好，适合构建三色或四色荧光实验，例如同时观察：
胞嘧啶摄取
细胞骨架
细胞核形态
特定蛋白定位
1. 分子量剧增，天然行为改变
游离胞嘧啶分子量仅约 111 Da，而 Cy3.5 染料本身约 600–700 Da。偶联后，探针分子量翻了数倍，导致：
膜通透性显著下降（难以被动扩散）
核苷转运蛋白（如 ENT、CNT 家族）可能不再识别
进入细胞主要依赖内吞或载体介导，而非模拟天然碱基的摄取路径
2. 不具备直接掺入核酸的能力
天然胞嘧啶需先磷酸化为胞苷酸，再掺入 DNA/RNA。Cy3.5-Cytosine 由于染料位阻，几乎不可能被：
核苷激酶有效磷酸化
DNA/RNA 聚合酶识别并掺入链中
因此，它不能用于代替 BrdU 或 EdU 做细胞增殖检测，只能作为“外源类似物”研究摄取和分布。
3. 光漂白与光毒性
尽管 Cy3.5 光稳定性较好，但长时间高功率激光照射仍会：
荧光淬灭
产生局部活性氧（ROS）
对活细胞造成光损伤
在活细胞长时间成像中需控制曝光。
4. 游离染料干扰
如果产品纯化不彻底，残留的游离 Cy3.5 染料会：
非特异地结合膜或蛋白
产生假阳性信号
掩盖真实的探针分布
因此，实验必须设置游离 Cy3.5 对照组，且产品需提供 HPLC 纯化证据。
5. 代谢稳定性有限
进入细胞后，Cy3.5-Cytosine 可能被：
胞苷脱氨酶转化为尿嘧啶类似物
磷酸酶水解
外排泵清除
其荧光信号反映的是“探针的命运”，而非天然胞嘧啶的代谢动态。
✅ 适用场景
核苷/碱基转运蛋白的摄取机制研究（需竞争实验验证）
纳米药物或递送系统（如脂质体、外泌体）携带碱基类似物的入胞效率评估
固定细胞的胞内分布初步观察
多色荧光标记实验中的橙红通道探针
❌ 不适用场景
DNA/RNA 合成检测（如增殖实验）
表观遗传修饰（5mC）原位可视化
天然胞嘧啶代谢通路的绝对定量
活体深层组织成像（Cy3.5 穿透力有限）
索要结构式与偶联位点：确认染料连接在胞嘧啶的哪个位置，是否影响关键官能团。
检查纯度：要求提供 HPLC 图谱，游离染料含量应低于 5%。
设置严谨对照：包括未标记胞嘧啶竞争组、游离 Cy3.5 组、空白组。
避光保存：-20℃ 干燥避光，避免反复冻融。
结合其他技术验证：如 LC-MS 检测探针在细胞内的真实代谢产物。
分类 |
产品详情 |
基础母核原料 |
天然胞嘧啶、C5位点修饰氨基胞嘧啶、N4氨基活化胞嘧啶、5-羧基胞嘧啶活性衍生物 |
Cy3.5功能原料 |
Cy3.5-COOH活性染料、Cy3.5-NHS活性酯、Sulfo-Cy3.5-NHS（水溶性磺酸化Cy3.5）、Cy3.5-MAL马来酰亚胺衍生物 |
合成中间体 |
位点选择性活化胞嘧啶中间体、Cy3.5活性酯偶联中间体、Cy3.5-Cytosine纯化粗品 |
配套合成试剂 |
EDC/NHS碳二亚胺缩合体系、无水DMF反应溶剂、凝胶渗透色谱（GPC）纯化填料、反相HPLC色谱柱 |
以上数据均来自文献/科研资料,星戈瑞暂未进行独立验证,限参考。我方仅提供相关产品，不参与保证任何实验，具体应用还需参考相关实验设计及文章！(以上文中所述仅限于科研实验及实验室环境)
