CY3 和 CY5 是两种常用的菁染料（CYanine dye），它们的荧光颜色也易于区分：
CY3 在激发后发出 橙黄色/橘黄色 的光。它的最大发射波长通常在 ~570 nm 左右。
肉眼观察：在黑暗环境中，通过显微镜目镜看，是明亮的橙色或橙黄色。
常见对比：它的颜色与 TRITC（四甲基罗丹明）相似，通常属于同一个检测通道。
CY5 在激发后发出 远红色 的光。它的最大发射波长通常在 ~670 nm 左右。
肉眼观察：人眼对这个波长的光相对不敏感，看起来是暗红色或深红色。
常见对比：它的颜色与 Alexa Fluor 647、APC（别藻蓝蛋白）相似，属于远红通道。
总结对比表
为什么需要知道它们的颜色？
这两种染料在生命科学研究中无处不在，主要用于：
1. 多色荧光标记：因为它们的光谱分离得很好，一个样品可以同时用CY3和CY5标记不同的目标分子（如蛋白质、核酸），而不会产生严重的信号串扰（Crosstalk）。
2. 微阵列：尤其是在早期的基因芯片中，CY3和CY5是标准的双色标记系统。
3. 荧光成像：在荧光显微镜（包括共聚焦显微镜）下，可以同时看到不同颜色的信号，从而研究分子的共定位情况。
4. 流式细胞术：用于标记抗体，同时对细胞进行多参数分析。
相关提示：
颜色与仪器匹配：你“看到”的颜色也取决于你使用的仪器（显微镜、扫描仪）的激光器和滤光片设置。上述描述是基于它们标准的发射特性，实际会有稍微差别。
CY5的“看不见”：由于CY5的发射波长接近人视觉感知的边缘，在显微镜下直接用肉眼观察时，CY5的信号通常微弱甚至看不见，必须依靠高灵敏度的设备来检测。而CY3的信号则明亮得多，肉眼易于观察。
简单来说，您可以这样记忆：CY3是“亮橙红”，CY5是“暗深红”。
以上数据均来自文献/科研资料,星戈瑞暂未进行独立验证, 仅供参考！(以上文中所述仅限于科研实验及实验室环境)
