CY3.5-COOH（Cy3.5羧酸）是一种基于花菁染料骨架的荧光标记试剂，通过羧基（-COOH）的活性修饰，其分子上的羧酸基团使其能够通过EDC/NHS化学、特异性地共价偶联到含有伯氨基的目标分子（如蛋白质、抗体、肽、核酸）上。
Cy3.5荧光核心：通过共轭双键系统形成近红外荧光特性，激发波长579-581 nm，发射波长591-610 nm。
羧基（-COOH）：作为反应活性位点，可通过EDC/NHS偶联与氨基结合，实现生物分子的共价标记。
近红外穿透性：发射波长位于橙红光至近红外区域，可有效降低生物组织自发荧光干扰，适用于活体成像和深层组织分析。
荧光特性：
组织穿透性：相较于可见光染料（如 FITC, Cy3），近红外光（650-900 nm）在生物组织中散射和吸收更少，能穿透更深层组织（几毫米到厘米级），适合活体成像（小动物成像）和较厚组织切片的观测。
低背景荧光：生物组织本身在这个波段的自发荧光非常低，大大降低了背景信号，提高了检测的信噪比和灵敏度。
兼容性：该波长范围处于大多数荧光显微镜、共聚焦显微镜、小动物活体成像系统以及流式细胞仪（配备相应激光器和滤光片）的有效检测范围内。
主要标记对象：
蛋白质：用于制备荧光抗体、标记酶等。
肽：标记特定肽段用于研究或检测。
寡核苷酸：标记核酸探针用于FISH、qPCR、测序等。
纳米颗粒：标记各种纳米载体用于示踪和成像。
其他含氨基的生物分子或材料。
科研方向
细胞与亚细胞结构成像：CY3.5-COOH常用于标记抗体或荧光探针，实现细胞结构的高对比度成像。
多色流式细胞术：在多参数流式检测中，Cy3.5的近红外发射可与FITC（绿光）、PE（橙光）等染料组合，实现多标志物同时检测。
核酸与蛋白质互作研究：通过羧基修饰的寡核苷酸，可利用荧光共振能量转移（FRET）技术研究DNA-蛋白质结合动力学。
生物分子标记与检测：荧光免疫分析、荧光原位杂交、流式细胞术、生物传感器。
细胞成像：细胞标记与示踪、受体结合研究：细胞器标记（需特异性靶向配体）
生物分布研究：追踪标记分子在体内的分布和代谢。
分子相互作用研究：如荧光偏振分析 (FP)、荧光共振能量转移 (FRET) -作为供体或受体。
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