大多数非磺化花青的衍生物（酰肼和胺的盐酸盐除外）的水溶性都很低，当这些分子用于生物分子标记时，为了能够有效的发生反应，必须使用有机助溶剂（DMF或DMSO的5-20％）。 首先将花青染料溶解在有机溶剂中； 然后在适当的极性缓冲液中稀释再使用。
Cy5 NHS ester 是用于标记肽、蛋白质和核苷酸中的氨基的活性染料。这种染料需要少量的有机共溶剂（如DMF或DMSO）用于标记反应。该试剂是非常可贵的有效标记的可溶性蛋白以及各种肽和核苷酸的试剂。
Cy染料和磺化Cy染料（sulfo-Cy）相比，这两类染料有相同的骨架结构，因此它们具有几乎一样的荧光谱图和荧光灵敏度，在大多数情况下可以交换使用。
CY系列花菁染料大多属于近红外荧光染料它们的吸收和发射光谱区位于550-1200nm处,在这个光谱区域，玻璃、聚丙烯酰胺凝胶基质和生物化学杂质的荧光背景都很弱，信噪比很高，而且它们有着很高的摩尔吸光系数和良好的荧光特性，因此荧光检测的灵敏度很高。
（1）荧光基团（Fluorophore）：当识别基团和目标分析物相互作用时能够引起化学环境的变化。而荧光基团能将这种变化转化为仪器能够探测的信号或者是人所能感知的信号。例如：光谱变化或者颜色的改变等。
Cyanine3 tetrazine 是一种带有四嗪部分的荧光染料，用于称为 TCO（反式环辛烯）连接的偶联反应。实际上，四嗪不仅与反式环辛烯反应，而且与（甲基）环丙烯和应变的非苯并稠合环炔反应。Cyanine3 是一种中等疏水性染料，能够在非水环境以及含有一些有机助溶剂（如乙腈或 DMSO）的水介质中进行标记。对于在纯水介质中的反应，可以使用该试剂的磺化形式。
以亲和素(Avidin)与花青染料3(Cyanine 3，Cy3)为原料，经化学交联获得高活性亲合素Cy3标记物。
Cyanine5 DBCO (DBCO-Cy5) 是一种低毒的叠氮化物反应探针 (近红外荧光染料)，可通过无铜“点击反应”对叠氮化物标记的生物分子进行成像。
Sulfo-Cyanine3 azide 是一种用于点击化学反应的水溶性染料叠氮化物。
