CY5.5-Alkyne作为标记分子，在生物成像中应用广泛。其发射光谱位于近红外区域（通常在750 nm附近），使其在生物体内成像时具有较低的背景干扰，尤其适用于体内成像和长时间跟踪
CY5-异紫花前胡内酯（CY5-Marmesin）是一种功能性荧光标记化合物，由红色荧光染料CY5与天然有机分子异紫花前胡内酯（Marmesin）通过共价偶联形成。
FITC-中康酸（FITC-Mesaconic acid）是一种功能性荧光标记化合物，由绿色荧光染料异硫氰酸荧光素（Fluorescein Isothiocyanate, FITC）与中康酸（Mesaconic acid）通过共价偶联形成。
水溶性-CY5.5-炔基（Sulfo-CY5.5-Alkye）是一种高性能的水溶性荧光染料衍生物，由红外荧光染料CY5.5通过末端炔基（–C≡CH）修饰而成，并引入磺酸基以提高其在水相环境中的溶解度。
吲哚菁绿羧基（ICG-COOH） 是 吲哚菁绿（Indocyanine Green, ICG） 的羧基衍生物，是一种水溶性长波长荧光染料。
Sulfo-Cy5.5-NH2 是一种水溶性、氨基功能化的花青素类荧光染料，属于 Cyanine（花青素）染料 系列。
Cy3-6-N3 是一种以 Cy3 花菁染料为基础的功能化衍生物。Cy3（Cyanine 3）属于花菁染料家族，是典型的共轭多烯结构染料，由两个吡啶环通过共轭链相连，形成高度共轭的 π 电子体系。
Cy3 DiAcid是一种基于Cy3荧光核心的双酸衍生物染料，属于水溶性远红橙色荧光染料。其结构在传统Cy3染料基础上引入两个羧基官能团，使其不仅保持Cy3的高亮度荧光特性，同时具有良好的化学偶联能力和水溶性。
水溶性CY5.5-活性酯（Sulfo-CY5.5-NHS）是一种基于远红荧光染料CY5.5的活性化衍生物。
