荧光信号也分为两种：一种是细胞自身就有的荧光在激光照射下发出的荧光信号，称为细胞自发荧光；另一种是人为用特异性荧光素标记细胞，如用荧光素标记的单克隆抗体特异性地结合胞膜、胞质、核膜的相应抗原，这些荧光素通过激光激发产生的信号。荧光信号的强弱反映了细胞抗原的表达含量，通过荧光信号我们可以对细胞亚群和功能进行分析。
菁染料(Cy)是近红外荧光染料中常用的一类荧光染料，细胞和组织的自发荧光在近红外波段小，能提供更高的特异性和灵敏度。 Cy系列的荧光染料分为磺酸化菁染料和非磺酸化菁染料（non-sulfonated cyanines, and sulfonated cyanines）。他们的光谱性质基本相同，和蛋白小分子修饰反应也基本相同，不同的在于他们的溶解性。
常见的荧光染料就有：异硫氰酸荧光素(FITC)、藻红蛋白（PE）、AlexaFluor系列、Cy系列染料等等。其中吲哚类菁染料Cy3是一种发橘黄色荧光的花菁素荧光染料，把Cy3包裹到硅纳米颗粒中，可以提升其性能，再与多肽修饰，可以用来制备核壳纳米颗粒的内核材料。
Bodipy氟化硼二吡咯类荧光染料相对比于荧光素、罗丹明或者菁染料有着较高的量子产率、高摩尔消光系数、光学稳定性和对PH不敏感被应用于生物标记、荧光探针及生物成像。
Cyanine3（CY3）、Sulfo-CY3、Cyanine5（CY5）、Sulfo-CY5、Cyanine7（CY7）、Sulfo-CY7
