适用于标记蛋白的荧光色素主要有异硫氰酸荧光素（FITC），四乙基罗丹明（RB200）和四甲基异硫氰基罗丹明(TMRITC)。目前应用常见的为异硫氰酸荧光素。
荧光素FITC标记抗体之Marsshall法介绍
免疫荧光技术是将荧光素如异硫氰酸荧光素(FITC)与相应抗体(或抗原)以化学的方法结合,将荧光标记抗体(或抗原)与标本中相应的抗原结合形成荧光标记的抗体-抗原复合物,用荧光显微镜观察。在镜下见到有荧光存在即推断有抗原抗体复合物的存在,根据已知的抗体(或抗原)即可推知另一个未知抗原(或抗体)的存在。
ICG化学名为吲哚菁绿，是一种感光染料，具有接近800nm的峰值光谱吸收。其与氨基反应性ICG衍生物用于与抗体和其他生物分子制备ICG生物缀合物。所有ICG染料都需要溶解在DMSO中用于标记用途。
荧光染料的激发波长需要与可用的激光匹配。同时，荧光染料的激发波长还需与可用的滤光片匹配，并且要考虑滤光片可允许通过的波长。
科研常见的荧光染料都有特定的激发和发射光谱。细胞可被多种荧光偶联抗体、荧光染料及荧光蛋白标记。激光器发射特定波长的激光，从而为荧光染料提供不同波长的激发能量。
染料可以被一定宽度波长范围内的光激发，染料激发时最高吸收峰波长就是激发峰，同样发出的荧光也是一个宽泛范围的荧光，最强的荧光波长即是发射峰。染料用激发峰波长的光照射时荧光最强，同样，在发射峰左右检测光信号时，最明亮最灵敏。每种染料都有特定的Ex/Em值，但是在不同溶剂（水溶剂 vs 有机溶剂）中，测得的Ex/Em值可能会不一样，另外不同仪器上测量可能会有轻微偏差。
亲和素(Avidin)又称亲合素，抗生物素，是由4个分子量为16kDa的亚单位组成的糖蛋白，每单位可结合1ug的生物素(Biotin)。
