荧光染料是一种荧光化合物，可在激光激发后重新发光。荧光团通常包含几个组合的芳族基团，或具有多个键的平面或环状分子。 PEG间隔物增加水溶性，在成像和诊断研发中实现的生物标记。 荧光染料参数表能够让您查看某一选定荧光染料的性能参数，并确定其是否适合于您的实验，以及适合的实验方法。
菁染料(Cy)是近红外荧光染料中常用的一类荧光染料，细胞和组织的自发荧光在近红外波段小，能提供更高的特异性和灵敏度。 Cy系列的荧光染料分为磺酸化菁染料和非磺酸化菁染料（non-sulfonated cyanines, and sulfonated cyanines）。他们的光谱性质基本相同，和蛋白小分子修饰反应也基本相同，不同的在于他们的溶解性。
菁染料是近红外荧光染料中常用的一类荧光染料，由于细胞和组织的自发荧光在近红外波段最小，因此在检测复杂生物系统时，近红外染料能提供高的特异性和灵敏度。同时，由于光波在近红外区段的组织透过性好，菁染料的摩尔吸光系数在荧光染料中高，Cy7 NHS ester, Cy5.5 amine 和Cy3 azide的吸收在近红外区背景非常低，是荧光强度高、稳定性长波长染料。适合于活体动物体内成像代替放射性元素。
香豆素荧光衍生物产品，波长是是400-550nm，可以在香豆素末端修饰NHS活化脂、叠氮N3、MAL马来酰亚胺，氨基NH2等活性基团，除此之外还可提供BODIPY荧光活性染料，CY系列活性荧光染料等等产品。
Bodipy氟化硼二吡咯类荧光染料相对比于荧光素、罗丹明或者菁染料有着较高的选择性、高灵敏度、高荧光量子产率、高摩尔消光系数、良好的光学稳定性和对PH不敏感的优点被应用于生物标记、荧光探针及生物成像。
吲哚菁绿(ICG)是一种具有近红外特征吸收峰的三碳花菁染料，最大发射波长在795～845nm之间，具有两亲性结构既亲水又亲油的特性．近红外光在组织中的穿透深度较大，且受生物组织本底的影响较小，由于ICG具有近红外吸收和发射荧光特性，可作为一种体内组织穿透剂。ICG能够强烈地吸收光能将其转化为热能或产生单线态氧，可用于光热治疗(PTT)或光动力治疗(PDT)。
不带活性基团的CY单体染料产品，相对比带活性基团的CY2/CY3.5/CY5/CY5.5/CY7染料，不带基团的染料稳定性高，保存时间长。部分单品CY2-COOH、CY2-NHS ester、CY3-Alkyne、CY5-Alkyne、CY5.5-Alkyne、CY7-Alkyne、CY7.5-Alkyne、CY3-C6-N3、Cy5.5 DiC18、Cy2 DiC18、Cy2 Di acid
ICG-NHS极性小，随着展开剂前移；c(RGDyk) 极性大，在该展开剂下不发生移动。c(RGDyk) 本身没有颜色，与ICG反应后，生产带颜色产物，在原点有颜色斑点。
荧光染料染色指数是阳性细胞群的平均荧光强度与阴性细胞群的平均荧光强度之差与阴性细胞群荧光强度标准差之间比值的一半。荧光染料染色系数只和抗体克隆与质量、荧光团纯度与质量、荧光修饰比、激光线及其功率、长通和带通滤光片、目的细胞等因素相关。
常见的荧光染料就有：异硫氰酸荧光素(FITC)、藻红蛋白（PE）、AlexaFluor系列、Cy系列染料等等。其中吲哚类菁染料Cy3是一种发橘黄色荧光的花菁素荧光染料，把Cy3包裹到硅纳米颗粒中，可以提升其性能，再与多肽修饰，可以用来制备核壳纳米颗粒的内核材料。
