荧光染料是指吸收某一波长的光波后能发射出另一波长大于吸收光的光波的物质。它们大多是含有苯环或杂环并带有共轭双剑的化合物。荧光染料可以单独使用，也可以组合成复合荧光染料使用。
激发光谱指的是激发光的波长连续不断改变时，某一物质的荧光强度变化的曲 线。测定激发光谱时，把配好的荧光物质溶液装入石英池中,然后放入荧光光度计光路中，固定发射波长和狭缝宽度,测量显示的曲线即为荧光激发光谱。
Cy5是一种活性染料，属于常见的红色荧光团。这些多功能荧光团可以耐受3-10的pH范围，用于生物相关pH的各种应用，比如应用在荧光成像和其他基于荧光的生化分析。
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不管是肽还是蛋白，都没有颜色的，需要提前给多肽或者蛋白标记上荧光物质。比如上期提到的Cy系列菁染料、FITC、RB等。
花菁染料有很多，比如常用的有Cy3、Cy5、Cy5.5、Cy7等。它们都可以用来标记生物分子，用于荧光成像和其他基于荧光的生化分析。
Cy染料作为常用的近红外荧光染料在多种实验方向均有应用，尤其CY7等染料它也因其特性多应用于成像染料。那在近红外成像研究方面Cy染料（菁染料）的那些特性/优点呢??
磺化Sulfo Cy7-NHS磺酸CY7标记活性脂活化酯的水溶性极高，所以在标记反应中不需要使用有机共溶剂，特别适合标记蛋白等对有机溶剂敏感的生物分子。
Sulfo-Cy7 NHS酯是一种磺化、亲水性和高度水溶性染料。该试剂允许制备Cy7标记的生物分子，特别适用于标记脆弱的蛋白质和易变性的蛋白质。染料标记的分子可用于各种研究相关的实验。
五甲川菁染料的光稳定性介于三甲川菁染料和七甲川菁染料之间， 光照条件下容易发生光漂白，其中CY5-NHS活性酷可以与蛋白质的氨基（主要是侧链的赖氨酸残基）在温和条件下反应形成共价的蛋白质和染料的复合物。
