长片段核酸多指长度大于一百多个碱基的双链DNA片段，长片段双链DNA的荧光标记方法分为化学标记法和酶催化标记法。
化学标记是通过用化学试剂处理核酸序列，已达到添加荧光标记的效果，如通过用亚硫酸钠处理序列中的胞密啶，使之变成磺酸衍生物，后者与二胺或肼耦合，可衍生连接上许多荧光标记染料。
但常用的是酶催化标记法——使用限制性酶、激酶、转移及聚合酶等，通过缺口平移、随机引物、末端标记或PCR等技术标记到长片段DNA分子上。其中，PCR标记法可以直接利用荧光标记寡核苷酸作为引物，直接进行常规扩增反应，其扩增产物即为荧光标记的长片段 DNA；或者是将荧光标记的三磷酸脱氧核糖核（dNTP）加到反应体系中，扩增产物也能带上荧光标记。这种标记法简便、快速、重复性好，对模板DNA纯度的要求低。
荧光标记长片段双链DNA主要应用于生物技术及仪器，如生物芯片中的基因芯片（微阵列芯片）技术和微流控芯片技术、基因分型、DNA测序，以及遗传分析仪等。基因芯片技术主要依赖于荧光标记长片段双链 DNA 的特异性杂交，达到检测靶核酸分子的目的。此外，荧光标记长片段双链DNA常用于遗传分析仪。
