CY3-amine可以结合到生物分子上，如蛋白质和核酸，用于荧光标记和追踪。
CY3-amine是一种发光染料，具有很好的荧光性能和化学稳定性。
各种原因使荧光染料的荧光强度降低， 以致荧光染料的荧光强度与浓度不呈线性关系的现象称为荧光淬灭。 荧光淬灭导致荧光物质的荧光量子产率降低
菁染料的光稳定性受自身结构和氧气等外界条件影响。具有不同母核结构的菁染料光稳定性顺序为： 吲哚＞喹啉＞噻唑＞嗯唑。 在吲哚林菁染料中，染料的光稳定性随着共轭甲川链的增长而降低。
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荧光探针都会包括荧光团、连接体和识别团三个部分。识别团可以选择性的与检测物结合，从而改变探针的化学环境，它决定了分子探针的选择性与特异性。荧光团是把识别团与检测物结合后，将改变的化学环境，变成我们容易看见的信息， 比如荧光产生亦或是荧光淬灭，它决定了识别的灵敏度。
荧光探针的响应机理：PET光致电子转移，ICT分子内电荷转移，FRET荧光共振能量转移，ESIPT激发态分子内电荷转移，AIE聚集诱导发光。
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CY3 NHS ester是一种荧光探针，可用于荧光标记蛋白质、核酸等生物大分子。它是一种氨基酸活化剂，可以与生物大分子上的羟基、胺基等官能团发生酰胺键反应。具体地，CY3 NHS ester在反应体系中先与碱性缓冲液反应，生成CY3 NHS离子。
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CY3是一种常用的荧光染料，常用于细胞和分子成像等方面。CY3-azide是一种常用的CY3衍生物，它具有良好的生物相容性和荧光性能。下面简单介绍一下CY3-azide的合成方法。
近红外荧光成像利用了特定波长范围内生物组织的透明度。在生命科学中，磺酸盐基团使 Cy 染料可溶于水，还可以减少染料-染料相互作用引起的荧光淬灭。
Cy7 NHS酯(脂溶性)与胺反应的琥珀酰亚胺酯适用于 NIR 成像，可以标记脆弱的蛋白质和易于变性的蛋白质。
