蛋白荧光标记技术是利用级联放大反应原理，将敏感性且易于检测的荧光素通过某个基团吸附或共价结合后，标记到特异性抗原或抗体分子上，应用荧光显微镜观察荧光标记物因增强放大效应而产生颜色、光谱等变化，以分析示踪相应抗体或抗原性质与含量的方法。
蛋白质标记技术可以研究感兴趣的蛋白质的丰度、位置、相互作用、翻译后修饰、功能，乃至监测活细胞中的蛋白质运输等问题。
代谢标记：
代谢标记策略是一种体内标记方法，在这种方法中，细胞被“喂养”了化学标记的营养物，然后这些标记物被掺入新合成的蛋白质、核酸或代谢物中。然后收集细胞并分离这些分子以获得细胞生物过程的全局视图。
荧光蛋白在生物学的应用，基于荧光蛋白的分子探针和标记方法已成为细胞或体内动态成像研究生物大分子或细胞功能的重要工具。从水母 (Aequorea victoria) 中分离出绿色荧光蛋白 (green fluorescent protein，GFP)，各种颜色的荧光蛋白被开发出，它们能特异地 “点亮”生物分子或细胞，并显示出生物分子的活动情况，从而能更有助于揭示这些分子或细胞的活动规律及本质。
